成釉细胞瘤患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用研究

作者：游婧; 傅瑜^*; 单杰; 张杰; 林晓虎; 江裕程; 卞成玥; 罗颐辰

来源：口腔医学, 2020, 40(10): 904-931.

DOI：10.13591/j.cnki.kqyx.2020.10.008

• 成釉细胞瘤
• 差异基因
• 长链非编码RNA
• 共表达网络
• 信号通路

目的分析成釉细胞瘤患者与正常人群基因表达谱芯片差异表达的基因和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),探讨关键lncRNA及其参与的信号通路。方法在公共数据库基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)中下载成釉细胞瘤相关芯片数据集GES38494及GES132472,筛选差异表达的基因及lncRNA,构建lncRNA-mRNA共表达网络并分析其参与的GO及KEGG通路,STRING数据库进行蛋白质相互作用分析并筛选核心基因。结果经差异分析共筛选出801个差异表达基因,其中差异表达的lncRNA 6个,与283个mRNA存在共表达关系。lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与上皮发育、皮肤发育、表皮细胞分化、角化细胞分化、角化作用等生物学功能和干细胞多能性调节通路、胰腺分泌、视黄醇代谢、轴突导向、细胞外基质-受体相互作用、黏着斑等KEGG信号通路。蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析中IVL是连接度最大的核心基因,与其共表达的lncRNA MAGI2-AS3表达下调,二者呈负相关。结论经过生物信息学分析,发现成釉细胞瘤患者lncRNA-mRNA共表达网络基因相关信号通路及蛋白质相互作用核心基因,为成釉细胞瘤治疗靶点的选择提供理论基础。

• 单位
  南京医科大学; 南京医科大学附属口腔医院