基于SLAF-Seq技术的塔里木兔(Lepus yarkandensis)小体型相关基因的筛选及初步分析

作者：方冰娃; 李祖锐; 周世玉; 米热姑丽·麦麦提; 单文娟^*

来源：基因组学与应用生物学, 2022, 41(08): 1628-1639.

DOI：10.13417/j.gab.041.001628

• 塔里木兔
• SLAF-Seq技术
• 选择性清除
• 体型大小

本研究旨在探究与塔里木兔(Lepus yarkandensis)体型大小相关的受选择基因，以为个体发育生长相关的主要基因的鉴定提供参考。本研究基于SLAF-Seq(Specific-locus amplified fragment sequencing)技术对11只大体型的蒙古兔(Lepus tolai)和15只小体型的塔里木兔进行选择清除分析(Selective sweep),并对受选择区域进行GO和KEGG注释和富集分析，以筛选出塔里木兔的体型大小相关基因。根据Fst值和πratio值的95%分位数(Fst>0.566,πratio>5.80)的结果显示，共计439 420个SNPs被选择。SNPs位置注释显示这些位点涉及1 943个候选基因。KEGG富集分析结果表明，泛素介导的蛋白质水解(Ubiquitin mediated proteolysis)、mTOR(Mammalian target of rapamycin)和Wnt信号通路可能与塔里木兔的体型大小相关。KEGG和GO富集分析表明有25个候选基因可能与塔里木兔的体型大小相关，这些基因与骨骼和肌肉的形成发育、脂肪代谢、能量产生、细胞增殖和凋亡以及器官大小相关。其他动物研究指出PTEN、WNT1、WNT7A、FGF13、RPS6KB1、RRAGA和GANC等候选基因的功能可能与动物的体型大小相关，并且其中有部分基因富集在调控体型相关的通路中。这些基因可能在控制塔里木兔的体型大小中发挥着重要的作用，可作为影响塔里木兔体型大小的关键候选基因。本研究结果为今后深入挖掘与动物体型大小相关基因及研究其分子调控机制提供了参考。