一种河涌淤泥深度脱水系统,包括除杂系统、对淤泥进行初步脱水的预压脱水系统、对淤泥进一步脱水的深度脱水系统;除杂系统的出口与预压脱水系统的入口之间设有第一传送装置,预压脱水系统的出口与深度脱水系统的入口之间设有第二传送装置;还涉及一种河涌淤泥深度脱水方法,先对淤泥进行除杂,再沉淀,之后进行初步脱水,最后进行深度脱水。本发明操作连续,简单便捷,脱水效果好,属于水处理领域。