四株不同宿主来源的Class I基因3型新城疫病毒全基因组序列测定及比较分析

作者：金仕强孟春春邓俊良张向乐仇旭升谭磊于圣青左之才丁铲

来源：病毒学报, 2012, (04): 394-402.

• 新城疫病毒
• Class I
• 全基因组序列
• 不同宿主来源

为了解析基因型相同但宿主来源不同的新城疫病毒的全基因组差异。本文采用RT-PCR方法分别获得4株（JS/3/09/Ch，ZJ/3/10/Ch，AH/2/10/Du，JS/9/08/Go）Class I 基因3型病毒的全基因组核苷酸序列，并与GenBank中已公布的Class I基因3型病毒全基因组序列进行比对分析。本实验4株病毒的基因组长度均为15198bp，在基因组1607～1608位有6碱基的缺失，在2381～2382位有12碱基的插入，裂解位点为112EQ/RQE/GRL117是标准弱毒特征。5株Class I基因3型病毒之间全基因组同源性超过93%；而与Class II弱毒株同源性最低只有72.2%；比较6个结构蛋白基因的同源性，NP基因的同源性最高(98.3%～96.4%)，而P基因最低(96.1%～91.9%)。结果表明不同宿主来源的Class I基因3型新城疫病毒在遗传信息方面差异不大，但NP/F/L基因的变异幅度较P/M/HN基因明显。

• 单位
  中国农业科学院; 四川农业大学; 国家家禽工程技术研究中心; 中国农业科学院上海兽医研究所