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摘要
食源性致病菌引起的食源性疾病在全球范围内时有暴发,对致病菌的调查和监测是预防和控制疾病大范围发生的有效手段。然而菌株的遗传变异给监测工作带来了挑战,同时罕见的、未知的菌株信息用传统鉴定方法难以实现。泛基因组学作为新发展的基因组分析方法,提供了更完整的基因组信息,在分离株鉴别、菌株遗传差异研究等方面具有重要贡献。结合数据库与分析软件,泛基因组分析在揭示致病菌的毒力及耐药基因、寻找新的抑菌靶点、监测基因水平转移情况等方面具有很大的应用潜力。本文简要介绍了泛基因组概念和分析方法,综述了其在致病菌快速检测、风险溯源以及风险预警方面的应用,深入阐述了泛基因组分析在耐药性监测和防控领域的发展状况,以期为基于基因组层面的食源性致病菌风险评估提供参考。
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单位微生物代谢国家重点实验室; 上海交通大学
