海南岛淡水鱼类环境DNA宏条形码参考数据库的初步构建及比较分析

作者：陈治; 蔡杏伟^*; 张清凤; 李高俊; 马春来; 申志新^*

来源：南方水产科学, 2022, 18(03): 1-12.

DOI：10.12131/20210339

• 环境DNA
• 海南岛
• 淡水鱼类
• 参考序列
• 种间差异阈值
• COI基因

为确定海南岛淡水鱼类环境DNA研究的最优参考数据库及最优目标基因，比较了自建数据库与公共数据库在COI、12S、16S 3个条形码片段上的物种覆盖度、注释准确率及种间差异阈值。结果表明：1)实地采集鱼类72种，其中有16 (COI)、20 (12S)和22 (16S)种鱼类的参考序列为该研究首次提供；2)仅有68.06%(COI)、66.67%(12S)和69.44%(16S)的鱼类在公共数据库比对到高相似度序列；3)自建数据库对两个数据库共有鱼类的物种注释准确率显著高于公共数据库(COI:100%vs 69.64%; 12S:96.15%vs 67.30%; 16S:96%vs 70%);4) COI基因是判别海南岛淡水鱼类的最优目标基因，16S次之；5)基于K2P遗传距离确定的种间差异阈值分别为0.006 9 (COI)、0.005 6 (12S)和0.007 5 (16S)，其物种判别准确率为94.96%(COI)、89.05%(12S)和92.70%(16S)。结果表明自建数据库优于公共数据库，建议使用COI、16S作为海南岛淡水鱼类环境DNA宏条形码基因。

• 单位
  海南省海洋与渔业科学院; 海南热带海洋学院