柠檬UBE2I同源基因的克隆及表达模式分析

作者：王青; 何新华^*; 林蔚; 苏玲; 李彬; 杜明富; 罗聪; 张树伟

来源：基因组学与应用生物学, 2019, 38(08): 3629-3636.

DOI：10.13417/j.gab.038.003629

• 柠檬
• 自交不亲和
• UBE2I
• 生物信息学分析

前期从香水柠檬自交不亲和花的转录组数据中筛选到一个上调表达的泛素结合酶UBE2I同源基因片段,为了弄清该基因的特性,开展了本研究。以香水柠檬(自交不亲和)和白花柠檬(自交亲和)为试材,根据从香水柠檬花转录组中获得的UBE2I基因片段设计引物,采用同源克隆方法获得了香水柠檬和白花柠檬这2个品种中UBE2I同源基因的ORF全长和DNA全长,对其序列进行生物信息学分析,再对其表达模式进行探讨。结果显示UBE2I基因在香水柠檬和白花柠檬中的ORF长度均为483 bp,二个品种ORF全长仅有一个核苷酸的差异,编码160个氨基酸,但其氨基酸序列无差异;DNA全长为2 267 bp,拥有有5个外显子和4个内含子,在第2个和第4个内含子序列中存在2个类似于启动子(TATAA)框的结构。UBE2I泛素连接酶蛋白理论等电点为7.64,分子量为17 981.474 44 Da,三级结构中有4个α螺旋、7个β折叠和10个无规卷曲,不是分泌蛋白,没有跨膜结构,肽链呈现疏水性。时空表达分析表明,UBE2I基因在香水柠檬的不同组织中均表达,但在不同组织中的表达存在差异,其中在花粉中的表达量明显高于其它组织,UBE2I在自交(香水柠檬♀×香水柠檬♂)后柱头中的表达量均比(香水柠檬♀×白花柠檬♂)杂交后柱头中的表达量高。本研究为进一步探索发现自交不亲和过程的泛素结合酶UBE2基因奠定基础。

• 单位
  广西大学; 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室