在我国,高等院校主要资金来源于财政拨款。近年来,随着我国教育体制的不断改革及对高等教育的重视日益增加,我国各高等院校财政拨款逐年增加,资产也随之增加。但是其内部控制制度依然很薄弱,使得高校在经济领域的管理产生了很多的问题。高校提高管理水平,必须要对高校内部控制制度存在的诸多问题加以改善。本文对当前我国高校内部控制制度的内涵与目标以及体制制度需要遵循的原则进行了深入的探讨,重点对高校内部控制体制存在的诸多缺陷进行了分析,并且又提出了一些完善高校内部控制制度的有效对策。