MCF-7和HMEC细胞系特异的CTCF结合位点的预测

作者：柴露; 刘影; 孙慧敏; 刘俊杰; 张利绒^*

来源：内蒙古大学学报(自然科学版), 2022, 53(02): 158-165.

DOI：10.13484/j.nmgdxxbzk.20220207

• CTCF
• 结合位点
• 支持向量机
• 随机森林

转录因子可与特定的DNA序列结合调控基因的表达，研究发现转录因子CTCF的结合对乳腺癌等癌症的发生也有一定的影响。以乳腺癌细胞系(MCF-7)和乳腺正常细胞系(HMEC)为研究对象，分别构建癌细胞系特异的和正常细胞系特异的转录因子CTCF结合位点数据集。根据染色质开放、DNA甲基化，以及CTCF、RAD21、SMC3这三个转录因子的结合模体特征，利用支持向量机(SVM)和随机森林(RF)方法对MCF-7和HMEC细胞系特异的CTCF结合位点进行预测，结果表明，SVM的最佳预测准确率为83.09%,RF的最佳预测准确率为84.19%。

• 单位
  内蒙古大学