基于单细胞测序构建基因共表达网络发现新冠病毒感染标志物

作者：张孝昌; 杨骞; 李非; 周喆; 王升启^*

来源：军事医学, 2021, 45(10): 742-747.

• 单细胞测序
• 转录组
• 严重急性呼吸综合征冠状病毒2
• 病毒感染
• 基因共表达
• T细胞

目的 基于新冠病毒感染者的外周血单细胞转录组测序数据，构建基因共表达网络，探究新冠病毒感染人体T细胞作用机制及生物标志物。方法 经过单细胞测序标准化数据整合分析后，将外周血细胞进行聚类注释，选取5种T细胞亚群进行分析。分别计算每个细胞亚群中基因之间的Pearson相关性系数及P值，选取合适的阈值对边进行筛选，并对获得的差异表达基因进行网络映射，构建反映人体T细胞应对新冠病毒感染的基因共表达网络。结果 构建了以真核翻译延伸因子1α1(EEF1A1)基因为中枢的核心共表达网络，网络中的基因表达在新冠病毒感染患者中显著下降，在康复患者中又得以恢复上升。共表达网络和差异分析所得基因的功能富集分析结果表明，新冠病毒感染人体后的T细胞亚群核糖体相关的信号通路和功能本体被显著富集。结论 基于新冠病毒感染患者单细胞测序数据构建的基因共表达网络，发现了一组以EEF1A1为中枢的具有相似表达模式的功能基因，该基因有望作为新冠病毒感染的诊治标志物。