利用GEO在线数据构建脑胶质母细胞瘤ceRNA网络

作者：王蕾; 马佳康; 马军^*; 阎东明; 周博; 邢仪通; 李丹丹

来源：中国实用神经疾病杂志, 2019, 22(11): 1168-1172.

• 脑胶质母细胞瘤
• 非编码RNA
• 竞争内源性RNA
• 基因

目的构建胶质母细胞瘤(GBM)ceRNA调控网络,探讨其发病机制。方法利用GSE103229数据集的芯片数据,分析GBM中异常表达的lncRNA、mRNA和miRNA,差异基因判定标准为logFC>1,P<0.05。通过数据库分析三者之间的靶向调控关系,构建ceRNA网络并用Cytoscape软件可视化。结果 GBM差异基因中,lncRNA 1 326个,癌组织中上调743个,下调583个;差异mRNA 3743个,癌组织中上调1 865个,下调1 878个;差异miRNA 33个,上调9个,下调24个。构建了包含miR-124、miR-128、miR-138和miR-193b的GBM的ceRNA网络。结论成功构建了GBM相关的ceRNA网络,其中miR-124、miR-128、miR-138和miR-193b是重要的节点基因。

• 单位
  郑州大学第二附属医院; 郑州大学; 消化疾病研究所; 第一附属医院神经外科