基于癌症基因组图谱数据库构建膀胱癌铜死亡相关长链非编码RNA预后模型

作者：周明; 李一帆; 申余勇^*

来源：肿瘤研究与临床, 2023, 35(11).

• 膀胱肿瘤
• 铜死亡
• RNA, 长链非编码
• 预后

目的构建膀胱癌铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)预后风险模型并检验其预测效能。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载膀胱癌的RNA表达测序数据和对应样本的临床数据。从已发表的文献中获得17个铜死亡相关关键基因, 基于TCGA数据库lncRNA数据, 通过相关性分析筛选出与铜死亡关键基因相关的lncRNA, 再应用Cox回归和Lasso回归筛选与TCGA数据库膀胱癌患者预后相关的铜死亡lncRNA。将从TCGA数据库筛选的临床信息完整的403例膀胱癌患者分为训练集(203例)和测试集(200例), 并依据训练集样本和上述筛选的关键独立预后相关铜死亡lncRNA, 构建预后风险预测模型。按照风险评分的中位值, 分别将TCGA数据库筛选的膀胱癌全部数据集、测试集和训练集患者分为高风险组和低风险组, 应用R语言survival包比较各数据集两组总生存差异。采用主成分分析、受试者工作特征(ROC)曲线验证模型预测效能。采用单因素和多因素Cox回归分析403例膀胱癌患者总生存影响因素, 采用ROC曲线分析各因素预测膀胱癌预后的效能。结果经过筛选, 共纳入4个具有独立预后意义的铜死亡相关lncRNA, 分别为AC104564.3、LINC00649、AL136084.3、AL136295.2, 以此构建的预后模型为:风险评分=-0.713 42×AC104564.3-0.744 94×LINC00649+0.410 93×AL136084.3- 0.736 89× AL136295.2。生存分析显示, 全部数据集、测试集和训练集中高风险组的总生存均较低风险组差(均P<0.05), 提示高风险评分预示着较差的预后。ROC曲线分析显示, 应用预后风险预测模型评分预测TCGA数据库全部403例患者1、3、5年总生存的曲线下面积分别0.665、0.629、0.692。多因素Cox回归分析显示, 年龄(≥65岁比<65岁:OR=1.027, 95%CI 1.011～1.044, P<0.001)、分期(Ⅳ期比Ⅲ期比Ⅱ期比Ⅰ期比未知分期:OR=1.593, 95%CI 1.308～1.939, P<0.001)、风险评分(高比低:OR=1.258, 95%CI 1.126～1.406, P<0.001)为患者总生存的独立影响因素。ROC曲线分析显示, 年龄、分期、风险评分预测患者5年总生存的曲线下面积分别为0.614、0.685、0.692, 提示风险预测模型具有更好的预测效能。结论成功建立了基于4个铜死亡相关lncRNA的膀胱癌患者预后风险预测模型, 内部验证该模型有较高的预后预测效能。