广藿香基因组SSR分子标记开发与种质遗传多样性分析

作者：张丹华; 龚丽珍; 庄洁旋; 邹璇; 王小兵; 詹若挺; 陈立凯^*

来源：基因组学与应用生物学, 2023, 42(11): 1159-1171.

DOI：10.13417/j.gab.042.001159

• 广藿香
• SSR分子标记
• 遗传多样性
• 群体遗传结构

本研究基于广藿香(Pogostemon cablin)全基因组信息，开发广藿香SSR分子标记，筛选和验证开发的SSR分子标记的有效性和多态性，并以此开发一种能够简单快速并有效鉴定广藿香样品的SSR分子标记，分析广藿香资源的遗传多样性，构建广藿香DNA分子身份证，更加深入全面地研究广藿香资源多样性和开发广藿香种质鉴别技术。实验通过筛选多态性引物，得到20对SSR引物。对各位点进行遗传多样性统计分析，发现20对引物平均表现出中度的多态性，表明这些位点可用于广藿香种质的遗传多样性分析。对60份广藿香样本进行遗传分析，可将其划分为8个群体，香农信息指数(Ⅰ)和等位基因数(Na)数据分析表明，群体中等位基因分布不均匀，平均等位基因(Na)高于有效等位基因(Ne),其中获得最多等位基因的群体是pop7,群体遗传多样性最高的是pop7,群体遗传多样性最低的是pop5,数据显示各群体之间的遗传多样性水平存在差异，群体内的基因型分布不平衡，各群体中存在杂合子剩余。整个群体的平均自交系数(Fis)为-0.759,自交率低，杂合度高。广藿香群体间有很大的遗传分化，平均基因流(Nm)为0.242,说明广藿香群体间基因流动性很小，群体间可能发生遗传分化的程度较小。由分子方差分析(AMOVA)结果可知，广藿香的个体内遗传变异高达63.03%,群体间的遗传变异为36.97%。本研究发现广藿香主要群体间遗传分化大，广藿香的遗传多样性水平低，大部分种质基因交流程度低，需要进一步开展种质创新和多样性品种培育。

• 单位
  广州中医药大学; 广东银田农业科技有限公司