亚洲地区登革1型病毒基因型及蛋白多样性分析

作者：袁贵丽; 吴建勇; 王国玲; 原丽红; 陆家海

来源：热带医学杂志, 2018, 18(04): 445-472.

• 亚洲
• 登革1型病毒
• 系统进化
• 重组
• 同源计分比值

目的了解我国及周边亚洲地区登革1型病毒株(DENV-1)的基因型及蛋白多样性特征,为今后登革1型病毒的流行监测和防控提供理论基础。方法从NCBI Virus Variation登革病毒数据库筛选出亚洲登革病毒1型全基因组序列共85条,利用生物信息学软件MEGA 7构建系统发生树,应用重组检测软件RDP 4.0检测可能存在的重组事件,计算同源计分比值(BSR)进行蛋白多样性分析。结果进化树显示亚洲地区登革1型病毒分为6种基因型(Ⅰ-Ⅵ),其中Ⅰ型为优势流行基因型,Ⅵ型为新出现的基因型。同时,共发现26个重组事件,主要以基因型间的重组为主。各蛋白BSR均为0.95以上,NS2B蛋白同源计分比值最高(0.99)。结论亚洲地区登革1型病毒存在多种基因型共同流行,进化较为保守;NS2B蛋白的高度保守性,可成为抗登革病毒药物研发的理想靶点。

• 单位
  中山大学公共卫生学院; 广州市海珠区疾病预防控制中心