为了解荔枝nrDNA ITS序列多态性，对荔枝4个品种的nrDNA ITS序列进行克隆测序，分析其序列特征、核苷酸多态性、遗传距离、5.8S保守基序、二级结构最小自由能、系统发育树及rRNA二级结构等。结果表明，荔枝nrDNA ITS序列在品种间、品种内均存在多态性，同时包含假基因序列，表明其ITS序列逃离了致同进化。分子方差分析（AMOVA）显示，荔枝nrDNA ITS序列遗传变异主要来源于品种内。自然杂交可能是荔枝ITS序列产生多态性的主要原因。
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