山羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法比较

作者：曾波; 康劲翮; 汤少勋; 王敏; 韩雪峰; 周传社; 颜琼娴; 贺志雄; 谭支良

来源：农业生物技术学报, 2015, 23(06): 823-830.

• 山羊
• 瘤胃微生物
• 基因组DNA
• 变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)

为了获得高质量的山羊(Capra hircus)瘤胃微生物基因组DNA,用于分析瘤胃微生物多样性,本研究采用珠磨+Tris-饱和酚法、珠磨+十二烷基磺酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)法、珠磨+SDS/异硫氰酸胍(guanidine thiocyanate,GITC)法、珠磨+SDS/醋酸铵(NH4Ac)法、珠磨+SDS/GITC/NH4Ac法和SDS/GITC法等6种DNA提取法提取山羊瘤胃微生物基因组DNA。通过DNA浓度和纯度的测定、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)、变性梯度凝胶电泳技术(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)对提取效果进行比较,以找到适合于山羊瘤胃微生物基因组DNA的提取方法。结果表明,应用珠磨+SDS/GITC/NH4Ac法提取的瘤胃微生物基因组DNA纯度较好,浓度高达96.4 ng/μL,并可同时扩增出瘤胃细菌和产甲烷古菌的16S r DNA片段,且细菌和产甲烷古菌的多样性指数均最高,更适合于瘤胃微生物菌群后续分子生物学研究。

• 单位
  中国科学院亚热带农业生态; 中国科学院亚热带农业生态研究所