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摘要
用HMMER软件,根据FKBP蛋白特征保守结构域初步鉴定了FKBP家族蛋白,再对初步鉴定的FKBP家族蛋白序列进行Pfam数据库保守结构域搜索,进一步甄别确定。据此得到尼瓦拉野生稻FKBP基因25个,转录本40个;亚洲栽培稻FKBP基因26个,转录本33个。根据尼瓦拉野生稻和亚洲栽培稻FKBP蛋白的系统进化关系和相关注释信息对尼瓦拉野生稻FKBP基因家族成员进行了命名,并用在线软件对比分析了尼瓦拉野生稻和亚洲栽培稻FKBP家族蛋白理化性质、转录本结构和蛋白保守基序,初步讨论了尼瓦拉野生稻与对应的亚洲栽培稻FKBP家族成员间的异同点,并结合NCBI的SRA数据库中相关RNA测序数据分析FKBP基因在不同生长时期和不同器官内的表达情况,为相关研究提供有益参考。
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