海南中部国家级生态功能保护区生物多样性丰富,经调查,保护区内的尖峰岭、五指山陆栖脊椎动物分别占全国的16.3%和12.7%;尖峰岭有国家I级和II级珍稀濒危保护植物种41种,占全国的16.0%;保护区热带原始林的生物多样性指标达到5.19~6.28,即便40年天然更新山地雨林物种多样性指标也达到了4.77。