肿瘤表达谱基因芯片数据的混合效应模型分析

作者：张杨; 张威; 曹文君; 李运明; 李宁霞; 陈长生

来源：现代生物医学进展, 2015, 15(03): 533-537.

DOI：10.13241/j.cnki.pmb.2015.03.035

• 混合效应模型
• 基因表达谱
• 肿瘤基因芯片数据
• 通路分析
• 统计学意义

目的:研究混合效应模型(Mixed Effects Model)在肿瘤表达谱基因芯片数据分析中的检验效能,并探讨其分析效果。方法:采用混合效应模型分析肿瘤实例基因芯片数据,并以基因集富集分析方法(GSEA)作为参照比较分析结果的有效性和科学性,探讨其检验效果。结果:通过混合效应模型和基因集富集分析(GSEA)两种方法对肿瘤基因芯片数据的分析和比较,两种方法筛选出共同的差异表达通路外,混合效应模型额外地筛选出来GSEA未能检验到的8条差异表达通路,且得到文献支持;混和效应模型筛选出的前10个差异表达通路中有6个已有生物学证明而基因集富集分析方法(GSEA)筛选出的前10个差异表达通路中仅有4个已有生物学证明。结论:混合效应模型作为top-down方法中的典型代表,其优势在于通过构建潜变量达到降维目的,可有效地减少多个复杂的变异来源从而保证了结果的准确性和科学性,其检验效能优于基因集富集分析方法(GSEA),是一种行之有效的筛选肿瘤基因芯片数据的分析方法。

• 单位
  长治医学院; 中国人民解放军成都军区总医院; 第四军医大学; 西安医学院第二附属医院