肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析

作者：李冰滢; 刘畅; 李枫; 张庆梅; 罗彬; 葛盈盈; 农蔚霞; 陈芳; 肖绍文; 谢小薰^*

来源：中国临床新医学, 2021, 14(06): 600-605.

• 肾嫌色细胞癌
• 内源竞争性RNA调控网络
• 信使RNA
• 长非编码RNA
• 微小RNA

目的构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的转录组数据,以错误发现率(FDR)<0.05,差异倍数的对数绝对值(log2|FC|)> 2为条件筛选差异表达(DE)的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络。应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行GO与KEGG富集分析。结果共筛选出3 679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5 914个DEmRNA。mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个; mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个。Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA(DEPDC1、SLC7A11和E2F7)和1个DEmiRNA(miR-26b-5p)与CRCC预后存在关联(P <0.05)。以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA (TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7)参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路。结论该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据。

• 单位
  广西医科大学; 广西医科大学第一附属医院; 中心实验室