周魁临床重视五运六气学说，撰有《温证指归》发明温证治验，采众家所长，以“大运”分析医家学术背景。其倡明气运更迁之理，而为治病大纲，于伤寒温热，则判若黑白。主张病随气发，治随病更，大运六十一更，乃定数也，小运十二一转，乃变数也，定数可稽，变数难察。周魁注重灵活运用运气理论，临床推之以运，征之以病，验之以药，则知气运有偏胜，而用药亦必有经权。
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