未分化型甲状腺癌差异表达基因的生物信息学分析

作者：陈妹妹; 梁瑜祯; 李争明; 夏宁^*

来源：广西医科大学学报, 2021, 38(01): 84-89.

DOI：10.16190/j.cnki.45-1211/r.2021.01.013

• 未分化型甲状腺癌
• 生物信息学
• 差异表达基因

目的:运用生物信息学方法筛选未分化型甲状腺癌(ATC)的关键基因及其信号通路,探讨其致癌机制。方法:从GEO数据库下载GSE85457、GSE65144和GSE53072基因芯片。利用GEO2R分析工具筛选出ATC的差异表达基因,通过韦恩图分析工具获得共同差异表达基因。利用DAVID数据库和STRING分析工具对共同差异表达基因进行GO功能、KEGG富集分析和构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape软件筛选出关键基因,DAVID进行GO功能、KEGG富集分析,并应用UCSC数据库构建层次聚类图和UALCAN数据库对关键基因进行生存分析。结果:共获得328个共同差异表达基因,其中上调基因有103个,下调基因有225个,富集分析显示共同差异表达基因主要富集在金属离子结合、信号转导、氧化还原过程和神经营养素信号通路等。共筛选出19个关键基因,富集分析显示关键基因主要富集在蛋白结合和细胞周期。层次聚类图结果显示,PAX6和FMOD在肿瘤组织中低表达,而CDC6和NEK2在肿瘤组织中高表达。结论:运用生物信息学技术筛选出与ATC相关的靶基因及其信号通路,可能有望成为ATC诊断和治疗的潜在靶点。

• 单位
  广西医科大学第一附属医院; 广西医科大学