基于Illumina高通量测序的马来熊(Helarctos malayanus)粪便菌群多样性初探

作者：袁耀华; 刘群秀; 裴恩乐^*

来源：野生动物学报, 2019, 40(04): 882-889.

DOI：10.19711/j.cnki.issn2310-1490.2019.04.009

• 马来熊
• 粪便菌群
• Illumina测序
• Miseq

应用新一代高通量测序技术Illumina Miseq对上海动物园3只马来熊的12个粪便样本中的菌群结构及其多样性进行检测和分析。样中共检测到884 522条序列,共检测到15个菌门,主要有7个优势菌门,按照多样性高低依次是:厚壁菌门(Firmicutes)(54. 70%)、变形菌门(Proteobacteria)(41. 90%)、梭杆菌门(Fusobacteria)(1. 80%)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)(0. 70%)、放线菌门(Actinobacteria)(0. 20%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和未定门(TM7)。粪便样本中能够确定到菌属的序列占73. 10%,以链球菌属(Streptococcus),大肠杆菌/志贺菌属(Escherichia-Shigella)和梭状杆菌属(Clostridium)为优势菌属。3只马来熊粪便菌群多样性比较:LS02粪便菌群多样性最高,其次是LS01,和LS03。结论:马来熊粪便菌群存在个体差异,但同一个体的优势菌群组成非常相似,年龄和性别可能会对马来熊粪便菌群产生影响。

• 单位
  上海动物园