Asp25质子化有利于HIV-1蛋白酶与抑制剂GRL02031结合

作者：伊长虹; 陈建中; 朱通; 张庆刚

来源：原子与分子物理学报, 2011, (01): 11-16.

• HIV-1蛋白酶
• 分子动力学
• MM-PBSA方法
• 结合自由能
• 质子化 HIV-protease
• molecular dynamics
• MM-PBSA method
• binding free energy
• protonation state

GRL02031是人体免疫缺陷病毒(HIV-1)天冬氨酸蛋白酶的抑制剂,是潜在的治疗艾滋病药物,HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25’的质子化状态对于理解HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.本文对Protease-GRL02031(PR-031)复合物的最可能的四种质子化状态进行了5ns分子动力学模拟,分析了Asp25/Asp25’不同的质子化状态对动力学特征和作用机制的影响,用MM-PBSA的方法计算了PR-031复合物在各种质子化状态下的结合自由能,同时对作为PR-031作用桥梁的水分子与PR-031复合物形成氢键的分析,表明水分子在ASP25质子...

• 单位
  中国科学院; 山东师范大学; 山东交通学院