美国红梣叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：柳燕杰; 田旭平^*; 李倩

来源：江苏农业科学, 2020, 48(15): 83-88.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2020.15.014

• 美国红梣
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 选择

为了提高基因的表达效率,利用叶绿体基因工程提高美国红梣的重要特性,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析了美国红梣叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子偏好性。结果表明,美国红梣叶绿体基因组密码子的GC含量依次为GC1(45.23%)>GC2(39.23%)>GC3(26.19%);有效密码子数(ENC)范围为37.55～55.28,其中ENC值>45的有34个;RSCU>1的密码子有29个,其中14个以U结尾、12个以A结尾,表明其偏好以A、U结尾,且偏倚很弱。中性点图分析表明,GC12与GC3的相关系数为0.321 7,回归系数为-0.538 5,相关性不显著;美国红梣叶绿体基因组的GC含量是高度保守的,密码子偏好主要受环境选择的影响;17个密码子被确定最优密码子。本研究为美国红梣叶绿体遗传工程和遗传多样性分析提供了科学依据。

• 单位
  山西农业大学