椎间盘退变样本的基因芯片分析

作者：蒋允昌; 冯虎; 高啸; 袁峰; 孙伟; 单鸿剑^*

来源：徐州医科大学学报, 2020, 40(03): 225-229.

• 基因芯片
• 椎间盘突出
• 核心基因

目的通过分析人椎间盘组织中的基因表达模式,筛选出可能参与椎间盘退变(IDD)的关键信号通路和核心基因。方法在GEO数据库下载2套mRNA表达数据集(GSE23130和GSE15227),分别对2套基因芯片中的Thompson分级为高级别和低级别的椎间盘组织进行差异表达基因(DEGs)的筛选。二者取交集后得到最终真正的DEGs,对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)基因富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对PPI网络进行核心模块筛选和KEGG富集分析,找出与IDD相关的核心基因的关键信号通路。结果 PI3K-Akt信号通路、黏着斑和人巨细胞病毒感染可能是参与IDD的关键信号通路。此外,我们鉴定出10个可能参与IDD的核心基因GAPDH、TP53、FN1、ACTB、EEF1A1、CCT2、COL1A1、ACTG1、PPP2CA和RPLP0,它们可能成为未来IDD治疗药物的靶基因。结论本研究首次鉴定出了可能与IDD相关的关键信号通路:PI3K-Akt信号通路,黏着斑和人巨细胞病毒感染等,筛选出了10个候选核心基因,为IDD的基因治疗提供了新的靶点和途径。

• 单位
  徐州医科大学