左宗棠于1866年奏请设立福州船政局,但在船局建成之前就被调往西北平乱,在船政局的继任者问题上,左宗棠经过深思熟虑最终选定沈葆桢。期间左宗棠凭借清政府赋予的特权,虽远在新疆也可以影响到船政局,左、沈二人协调一致,积极合作,采取各种措施促进船政局的发展。而在沈葆桢离任之后,则是二人关系的转折点,沈葆桢将船政局交付与左宗棠不和的淮系进行掌控,导致了二人关系的恶化。足以看出左李二人的关系受到政治派别的影响,并不具有纯粹的私人交情。