基于GEO数据库筛选慢性胰腺炎恶变过程中关键miRNA和ceRNA网络构建

作者：张立洁; 彭泉^*

来源：现代检验医学杂志, 2023, 38(02): 18-24.

• 胰腺癌
• 慢性胰腺炎
• 微小RNA
• 竞争性内源RNA

目的 筛选慢性胰腺炎（chronic pancreatitis, CP）进展到胰腺癌（pancreatic cancer, PC）过程中发挥潜在作用的mi RNA及其调控网络。方法 从GEO数据库中下载芯片数据GSE24279和GSE25820，筛选出在CP和PC中差异表达的miRNA(differential expression miRNA,DEM)。预测DEM的靶基因和长链非编码RNA(long non-coding RNA)，随后进行靶基因富集分析，构建蛋白互作网络（protein-protein interaction, PPI）并筛选出枢纽基因和具有特殊生物学功能的模块，通过综合分析DEM，枢纽基因和LncRNA的表达和预后，基于竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs, ceRNA)的理论，构建miRNA的调控网络。结果 筛选出16个DEM，其靶基因参与共生过程，细胞器组织的正调控，细胞质的核周区域和双链RNA结合。从PPI网络中，筛选出17个枢纽基因和3个模块。综合分析后，将hsa-miR-221-3p,hsa-miR-222-3p,hsa-miR-210-3p及RNPS1,MGRN1作为CP进展为PC中关键节点。41个LncRNA结合关键DEM，其中MIAT,DANT2,TTN-AS1,PAXIP1-AS2和LINC00473具有预后价值。综合以上结果，构建出包含3个DEM,2个基因和5个LncRNA的ceRNA调控网络。结论 研究采用的整合分析方法有助于揭示CP恶变的机制，构建的LncRNA-miRNA-基因调控网络，为预测和治疗由CP进展为PC的患者提供了新的生物学靶点。