豇豆OSCA基因家族密码子偏好性分析

作者：仇学文; 曾春涛; 王楠; 李铖; 李丹; 徐梦怡; 程柳洋; 吴才君

来源：分子植物育种, 2023, 1-12.

• 豇豆(Vigna unguiculata (L.) Walp)
• OSCA基因家族
• 密码子
• 偏好性

本研究以豇豆(Vigna unguiculata (Linn.) Walp.) OSCA基因家族为研究对象，利用Codon W、CUSP和MEGA11对鉴定出的14个OSCA基因家族成员进行密码子偏好性分析。结果表明，豇豆OSCA基因家族成员整体偏好性较弱，大多数成员偏好以T(U)和A结尾，VuOSCA5偏好以T(U)和G结尾。GC总量与密码子第3位碱基GC含量相关性显著。还鉴定出27个高频密码子，其中23个以U或A结尾。根据RSCU值对基因进行聚类分析结果与实际有一定差异，仅可作为参考。从ENc-plot、PR2-plot、中性绘图可以看出自然选择对该家族成员密码子偏好性影响较大。从密码子使用频率比值可以看出，烟草、拟南芥和酵母可以作为豇豆OSCA基因家族成员基因异源表达的受体。

• 单位
  江西农业大学