近十年来民办高等教育发展迅速,民办高校的数量在全国高校总量中所占的比例逐年上升。从加强民办高校成本控制的必要性出发,以南通理工学院为例,提出成本控制的措施,论述了绩效管理与成本控制的关系,设计了民办高校的成本控制绩效创新评价指标,提升民办高校教育资源的使用效益,为其他民办高校的成本控制和绩效管理提供借鉴。