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摘要
目的采用长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)高通量测序技术检测氧诱导视网膜病(oxygen-induced retinopathy,OIR)新生小鼠和正常新生小鼠视网膜组织lncRNA的差异表达情况,为早产儿视网膜病变(retinopathy of prematurity,ROP)的发病机制研究提供依据。方法清洁级C57BL/6J新生小鼠48只,按随机化配对设计分为OIR组和对照组,每组24只。生后第7天,将OIR组小鼠与母鼠饲养于密闭有机玻璃箱内,氧浓度(75±2)%,于生后第12天恢复在空气中饲养,继续饲养5d。对照组小鼠一直饲养于正常空气环境中,至生后第17天。生后第17天,2组小鼠处死后摘除眼球,荧光显微镜观察视网膜血管形态与分布,光学显微镜下计数突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核数目,同时采用实时荧光定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对高通量测序得到的差异表达lncRNA进行验证。基于lncRNA与mRNA表达相关性以及lncRNA与mRNA基因组位置近邻关系,得到lncRNA的潜在靶基因。同时通过GO和KEGG Pathway分析对lncRNA表达谱进行初步生物信息学分析。采用t检验及Graphpad Prism对数据进行统计分析及绘图。结果 lncRNA高通量测序技术分析获得1 118条与OIR相关的lncRNA(差异表达倍数≥2倍,P<0.05)。采用实时荧光定量PCR验证结果表明,OIR组XLOC150632、XLOC150636表达明显上调,XLOC122045、XLOC100454、XLOC170009、XLOC122042表达明显下调。差异表达lncRNA的靶基因经GO分析有852个靶基因富集于生物学进程,1 148个靶基因富集于细胞组件,2 100个靶基因富集于分子功能;Pathway分析36个显著富集的生物学通路,主要涉及视网膜发育、血管内皮细胞趋化、迁移及能量代谢。结论 OIR小鼠视网膜组织中lncRNA存在差异表达,其中XLOC150632、XLOC150636潜在靶基因成纤维细胞生长因子2与磷脂酰肌醇-3激酶通路相关,可能与OIR视网膜新生血管形成相关。
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单位湖北民族学院附属民大医院; 深圳市南山区人民医院; 常州市妇幼保健院; 南京医科大学
