秦巴山区生态环境治理仍受限于传统治理模式,存在合作欠缺、碎片化和事后性缺陷,与生态环境的本质相冲突,处于失灵状态。跨域协同治理理念可以对此作出调适,使其符合现代生态环境治理的要求,并满足我国生态环境治理模式转型和现实政策的需要。在该理念的指导下,可以通过理顺多元社会主体之间的关系,完善秦巴山区生态环境治理的权力运行机制和公众参与机制来突破其治理困境。