为解决当前传统在线认证方案的缺陷,提出一种基于FIDO协议的双因素eID(公民网络电子身份标识)实名认证方案。对当前传统认证方案进行分析,结合移动终端特点,设计了一种基于移动终端的高效可靠的eID双因素实名认证方案,研究FIDO协议特点,设计了一种改进的FIDO U2F协议,将FIDO协议与公民网络电子身份标识eID相结合,实现本地生物特征和eID双因素认证。实验结果表明,该认证方案更加安全便捷,同时能有效保护用户隐私。