卵巢癌相关差异表达基因的生物信息学分析

作者：张翔^*; 殷松娜; 陈雅慧; 张洁

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(12): 5830-5836.

DOI：10.13417/j.gab.039.005830

• 卵巢癌(OV)
• 差异基因
• KEGG信号通路
• 蛋白质-蛋白质相互作用
• Hub基因

卵巢癌(ovarian cancer, OV)是一种常见的具有高死亡率的妇科恶性肿瘤。本研究旨在为OV的发生发展机制研究提供更多数据支持,从而对OV的临床治疗提供一定的理论基础。从GEO数据库下载卵巢患者芯片数据GSE26712。用limma包分析OV肿瘤组织中与正常卵巢表面上皮组织样本中差异表达基因。随后进行GO和KEGG富集分析。Cytoscape的MCODE插件用于鉴定差异基因之间的蛋白质互作关系(protein-protein interaction network, PPI)。并筛选出Hub基因并应用GEPIA验证其在卵巢癌患者和正常人群中的表达。筛选得到287个DEGs (72个上调基因和215个下调基因),主要富集在间充质发育和细胞外基质组织过程,以及癌症中的蛋白多糖通路中。从PPI网络中鉴定出2个关键子网络和12个Hub基因。本研究可望为OV发生发展的机制研究提供新的研究方向。

• 单位
  延安大学