微囊藻群体总RNA提取方法的比较

作者：高胜玲; 黄亚新; 卢亚萍; 施丽梅; 孔繁翔; 张小倩

来源：湖泊科学, 2018, 30(02): 441-448.

• 微囊藻群体
• RNA提取
• qPCR
• 多糖

微囊藻群体富含多糖类物质是影响微囊藻RNA提取的关键因素.为了获得高质量的微囊藻群体总RNA,对比分析4种针对多糖含量较高的方法——方法 1 PGTX-bead法、方法 2 CTAB-bead法、方法 3 Fast RNAPro Blue Kit和方法 4RNeasy Mini Kit对微囊藻群体总RNA的提取效果.采用琼脂糖凝胶电泳检测微囊藻群体RNA的完整性,Nanodrop ND1000分光光度计检测RNA纯度及浓度,并采用q PCR检测DNA污染情况.结果表明,4种方法都能从微囊藻群体中提取获得RNA,并在去除DNA后都可以进行RT-PCR等后续实验.方法 1 PGTX-bead提取的RNA产量最高,纯度好,DNA污染小,成本低,适合从微囊藻群体中大量提取RNA;方法 2 CTAB-bead提取的RNA样品产量也较高,但DNA污染严重,适合需要同时提取DNA和RNA的样本;方法 3 Fast RNAPro Blue Kit和方法 4 RNeasy Mini Kit提取的RNA产量都较低,但方法 4操作简单,耗时短,所检测目的基因的相对表达量较高,更适合从少量的微囊藻群体中提取总RNA.

• 单位
  湖泊与环境国家重点实验室; 南京农业大学; 生命科学学院; 中国科学院南京地理与湖泊研究所