蛋白质-核酸复合物氢键与范德华力作用位点分析

作者：吴建盛; 胡栋; 晏善成; 马昕; 谢建明; 孙啸

来源：东南大学学报(自然科学版), 2011, (04): 778-783.

• 蛋白质-核酸复合物
• 氢键作用位点
• 范德华力作用位点
• 偏好性
• 氨基酸极性
• 协同作用 protein-nucleic acid complexes
• hydrogen bonding interfaces
• van del Waals contacting interfaces
• propensity
• polarity of amino acids
• cooperative interaction

为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密切相关的残基侧链与核苷酸碱基间相互作用力位点对氨基酸类型的选择特异性更高;单链RNA分子与蛋白质发生相互作用时对氨基酸残基的偏好性和双链RNA分子差异不显著;氨基酸的极性大小及方向在决定其是否与核酸分子形成范德华力作用具有重要贡献,氨基酸侧链形成的空间位阻会阻碍其与核酸分子形成氢键作用;蛋白质-DNA复合物结构氢键/范德华力作用位点上残基间空间协同作用时对氨基酸类型的选择...

• 单位
  南京邮电大学; 东南大学; 生物电子学国家重点实验室