银杏转录组数据中EST-SSR位点的生物信息学分析

作者：秦姣姣; 杨玉琦; 胡晓艳; 杜淑辉^*

来源：江苏农业科学, 2020, 48(03): 90-94.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2020.03.015

• 银杏
• 转录组
• SSR位点
• 重复基元

银杏(Ginkgo biloba L.)是雌雄异株植物,其植株价值因性别不同而异。银杏转录组数据中EST-SSR位点的生物信息学分析将为银杏遗传学研究开展提供重要的理论与方法支持。首先通过高通量测序技术获得银杏大、小孢子叶球转录组数据,然后开展数据拼接组装与EST-SSR位点挖掘及相应的生物信息学分析。转录组数据处理及拼接组装后共获得108 307条unigenes,然后利用MISA软件发掘银杏转录组数据中的SSR位点,最终从8 178条unigenes中检索出9 668个SSR位点。其中,单核苷酸重复的数量最多,有5 663个;其次是二核苷酸和三核苷酸,重复数量分别为2 471、1 438个;四核苷酸至六核苷酸重复的数量相对较少,共有96个。银杏转录组EST-SSR位点共包含147种重复基元。在单核苷酸重复中,A和T是优势重复基元类型,分别有2 808、2 685个;在二核苷酸重复基元中,AT与TA数量较多,分别为469、383个,所占比例为34.48%。此外,设计得到6 809对银杏EST-SSR位点特异引物。银杏转录组EST-SSR位点的发掘将为银杏遗传图谱构建、遗传性状分析、幼年期性别鉴定方法的建立等提供有力的理论与方法支持。

• 单位
  山西农业大学