番茄枯萎病菌和颈腐根腐病菌KASP-SNP检测技术的建立

作者：叶青静; 王荣青; 阮美颖; 程远; 万红建; 李志邈; 周国治^*; 姚祝平^*

来源：植物保护学报, 2022, 49(03): 879-889.

DOI：10.13802/j.cnki.zwbhxb.2022.2020180

• 番茄
• 尖孢镰刀菌
• KASP-SNP标记
• 分子鉴定
• 生理小种

为快速、准确地对番茄枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici(FOL)和番茄颈腐根腐病菌F. oxysporum f. sp. radicis-lycopersici(FORL)进行检测，基于尖孢镰刀菌F. oxysporum多聚半乳糖醛酸外切酶基因pgx4的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）位点，设计FORL、FOL生理小种1(FOL-R1)、2(FOL-R2)和3(FOL-R3)的竞争性等位基因特异性PCR-SNP(kompetitive allele specific PCR-SNP,KASP-SNP)引物，建立番茄颈腐根腐病菌和番茄枯萎病菌KASP-SNP检测技术，并通过与常规PCR比对及ITS与pgx4序列分析对该检测技术的可靠性进行验证。结果显示，在FORL、FOL-R1、FOL-R2和FOL-R3中存在35个变异SNP位点，设计出18对KASP-SNP引物，筛选出FORL＿KASP、FOLrace1＿KASP、FOLrace2＿KASP和FOLrace3＿KASP共4对分型清晰的引物。KASP-SNP技术对FORL、FOL-R1和FOL-R2的检测阳性率达100.00%，对FOL-R3的检测阳性率为92.68%；常规PCR方法对FOL-R1和FOL-R3的检测阳性率也达100.00%，而对FORL的检测阳性率只有59.09%。表明所建立的KASP-SNP技术可用于FOL-R1、FOL-R2、FOL-R3和FORL的快速、准确检测。

• 单位
  浙江省农业科学院