基于生物信息学分析白血病抑制因子受体与乳腺癌预后的相关关系

作者：田甜; 邓飞; 唐金海^*

来源：中国肿瘤外科杂志, 2020, 12(04): 338-347.

• 乳腺癌
• 免疫
• 预后
• 生物信息学

目的通过生物信息学分析技术分析乳腺癌中白血病抑制因子受体(LIFR)对患者预后以及肿瘤微环境免疫细胞浸润的影响。方法通过Oncomine数据库和TIMER数据库分析LIFR在泛癌中的表达。通过UCSC Xena下载数据研究LIFR在不同肿瘤类型中与肿瘤突变负荷及微卫星不稳定性的关系。利用"ESTIMATE" R包评价LIFR与乳腺癌肿瘤微环境的相关性。使用PrognoScan和Kaplan-Meier plotter评估LIFR对乳腺癌患者临床预后的影响。进一步通过TISIDB数据库评价乳腺癌中LIFR在不同免疫亚型、分子亚型中的分布情况,并利用UALCAN数据库分析乳腺癌中LIFR启动子甲基化情况。此外,还利用RT-qPCR进一步证实LIFR在乳腺癌中的表达,通过划痕实验验证LIFR对乳腺癌细胞功能的影响。最后通过miRTarBase、TargetScan、microRNA.org、miRDB数据库发现LIFR上游miroRNA。结果 LIFR在多种癌症中普遍下调,乳腺癌中LIFR与肿瘤突变负荷肿瘤突变符合、微卫星不稳定性呈负相关关系,且LIFR的表达含量与乳腺癌肿瘤微环境中的基质细胞含量具有正相关性。预后分析结果显示,乳腺癌中高表达LIFR能够显著改善患者总生存期、肿瘤无远处转移生存期、无复发生存期。进一步分析发现,乳腺癌中LIFR的表达水平在免疫亚型、乳腺癌分子亚型中差异不明显,不同组织类型、乳腺癌亚型、乳腺癌分期、不同组织学分类、不同年龄分期中均存在LIFR启动子甲基化现象,总体来说LIFR在乳腺癌中表现为低甲基化。细胞实验结果证实MDA-MB-231细胞中LIFR显著下调,过表达LIFR抑制乳腺癌细胞的迁移和侵袭且LIFR可与miR-27a结合。结论 LIFR可以作为乳腺癌的免疫浸润和预后标志物。

• 单位
  南京医科大学第一附属医院; 徐州医科大学