本发明公开了一种黄芩苷酯衍生物及其制备方法与应用,属于生物催化和药物化学领域。该方法具体包括:将黄芩苷和不同的酰基受体溶解于二元非水介质中,以脂肪酶作为生物催化剂,加热振荡反应,制备得到一系列高脂溶性的黄芩苷酯衍生物。本发明制备所得的黄芩苷酯衍生物具有较好的脂溶性,显著改善了黄芩苷低脂溶性的不足,以拓展其在油基体系的应用和提高其透过细胞膜的能力。该方法反应条件温和,绿色高效,操作简易,具有显著的工业化应用价值。