红花变豆菜叶绿体基因组结构及同属种间关系研究

作者：杨晨; 姚雪莹; 陈志祥; 王奇志

来源：植物研究, 2021, 1-9.

• 红花变豆菜
• 叶绿体基因组
• 种间关系

红花变豆菜（Sanicula rubriflora Fr.Schmidt）是有药用价值的植物,全株干燥后与其它药用同属植物易混淆,种间关系存在争议,通过高通量测序技术对红花变豆菜叶绿体基因组测序,利用生物信息学方法对测序数据进行拼接、注释,首次报道红花变豆菜叶绿体基因组结构及特点,利用叶绿体基因组数据,提供种间分类新证据,并且分析相关类群的进化关系。S.rubriflora叶绿体基因组序列的长度为155 721 bp,其中包括一个85 981bp的大单拷贝区（Large single copy,LSC）和一个17 060 bp的小单拷贝区（Small single-copy region,SSC）,它们被两个26 340 bp的反向重复区（Inverted repeat sequence,IRs）隔开。红花变豆菜叶绿体基因组GC含量为38.20%,包含129个基因,其中84个蛋白质编码基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因。红花变豆菜叶绿体基因组结构具有高度保守性,其中编码基因共有51 907个密码子,最多编码5 095个亮氨酸,最少编码689个色氨酸,简单重复序列分析共发现32个位点,大多数是单碱基重复的A/T类型。叶绿体基因组聚类结果支持天胡荽亚科（Hydrocotyloideae）是伞形科内比较原始的类群;变豆菜亚科（Saniculoideae）和芹亚科（Apioideae）为姊妹类群,是伞形科较进化的类群;变豆菜属植物是一个相对自然的类群;红花变豆菜与黄花变豆菜（S.flavovirens）为近缘姊妹种,但是两者形态和地理分布差异较大。该研究结果为变豆菜属属下种间鉴定及其种间演化奠定基础。

• 单位
  华侨大学