基于转录组测序的棘胸蛙SSR和SNP分子标记开发

作者：魏朝宇; 谢永广; 魏秀英; 罗华辉; 陈敦学

来源：南方农业学报, 2021, 1-11.

• 棘胸蛙
• SSR分子标记
• SNP分子标记
• 分布特征
• 转录组

【目的】通过转录组开发棘胸蛙SSR和SNP分子标记，分析其遗传多样性，为棘胸蛙的遗传背景研究提供数据支撑。【方法】利用MISA软件对棘胸蛙（Quasipaa spinosa）转录组SSR进行检索并分析，利用Samtools和VarScan v.2.2.7软件进行SNP检索与分析。【结果】从棘胸蛙转录组中共筛选出33019个SSR位点，其中21966条序列含有SSR位点，6688条序列含有超过1个SSR位点，且在所发现的SSR位点中以单碱基重复（25788）和二碱基重复（4807）的数目最多。单碱基重复和二碱基重复的优势重复基元分别为A/T（83.88%）和AC/GT（38.15%）；在检索到得33019个SSR位点中，重复次数主要集中在5～25次，同时大部分位点均位于非编码区，而仅有1633个SSR位点位于编码区；棘胸蛙SSR长度≥12 bp的位点达17244个，占所有SSR位点的58.53%。对棘胸蛙转录组序列进行SNP检索，共计发现87634个SNP位点，其中，56300个SNP位点属于转换位点，31334个位点属于颠换位点，转化/颠换达到1.80。挑选120条序列设计引物进行SSR位点验证，发现有57对引物扩增出单一条带，且条带大小与预期一致。【结论】采用高通量测序技术进行SSR和SNP标记具有较高的可行性，同时棘胸蛙具有中度偏高的遗传多样性。

• 单位
  动物科学学院; 贵州大学