基于第三代测序技术进行世居藏族人群HBV全长准种特征研究

作者：蔡林; 郑钧丰; 谭文婷; 孙凤明; 但芸婕; 向小梅; 邓国宏^*

来源：第三军医大学学报, 2019, 41(07): 637-645.

DOI：10.16016/j.1000-5404.201812232

• 肝炎病毒,乙型
• 高通量测序
• 三代
• 准种
• 藏族

目的利用第三代测序技术,探讨世居藏族人群乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)准种变异特点。方法 2016年5月至2017年7月陆军军医大学第一附属医院感染科在藏南地区进行HBV流行病学调查,采集到藏族HBsAg阳性样本24例,作为高原世居藏族组,同时在感染科门诊收集24例样本作为平原汉族对照组,提取HBV DNA并扩增病毒全长序列,构建全基因组测序文库,采用第三代测序平台PacBio RSⅡ进行测序;借助ClustalW、MEGA、SimPlot等生物信息工具进行序列准种特征分析。结果 29例样本最终成功扩增并测序,其中高原世居藏族组9例,每个样本平均获得65条准种序列;对照组20例,每个样本平均获得124条准种序列。经比对分析,高原世居藏族组发现7例(7/9,77.8%)C/D1型重组HBV,由D4亚型与C2亚型HBV在750 nt重组而成;1例C/D2型HBV,由D3亚型与C2亚型HBV在1 500 nt重组而成;1例为C2型。C/D型HBV preC/C区复杂度、非同义突变率高于平原汉族对照组。C/D型HBV核酸变异谱与对照组不同,C/D重组型HBV核酸突变以EnhⅡ、BCP、preS区变异为主;而对照组HBV序列除了有BCP、preS变异,还有preC、S、X基因区变异。结论世居藏族人HBV以C/D重组型为优势毒株,且以C/D1型占多数;世居藏族人C/D型HBV preC/C区准种复杂度、非同义突变率更高,而核酸变异集中在EnhⅡ、BCP、preS区。

• 单位
  第三军医大学; 中国人民解放军陆军军医大学; 基础医学院