科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的：利用生物信息学的方法构建带状疱疹相关神经痛miRNA-mRNA调控网络。方法：从GEO数据库获取水痘-带状疱疹病毒感染的神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)转录组测序数据。利用R软件整合差异表达基因。通过miRNet数据库和FunRich软件筛选疼痛相关miRNAs和下游靶基因，并与整合的差异表达基因取交集，获得miRNA-mRNA关系对，且对网络中miRNAs和靶基因分别进行上游转录因子预测和GO、KEGG分析。通过String数据库建立蛋白质互作网络，并利用Cytoscape软件筛选Hub基因。结果：共筛选到差异表达基因1250个、靶基因123个，GO富集分析发现其主要与轴突生成、中枢神经系统神经元发育、电压门控钠通道活性、转录辅助因子结合等生物过程和分子功能相关。KEGG富集分析发现其主要参与轴突引导、昼夜节律、神经活性配体-受体相互作用等信号通路。结论：成功构建了带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络，并筛选得到了mir-34c、mir-98、mir-183、mir-107和SLIT2、ROBO2、ROBO1、PER2、F2RL2、GRID2、S1PR1等关键mi RNA和靶基因，为进一步挖掘其分子发病机制提供了理论基础。
- 单位
