伪基因和长链非编码RNA在肾透明细胞癌患者血浆中的表达与临床意义

作者：邹元章; 何宜宸; 陈兵海^*

来源：江苏大学学报(医学版), 2020, 30(04): 312-325.

DOI：10.13312/j.issn.1671-7783.y200030

• 伪基因
• 长链非编码RNA
• 肾透明细胞癌
• 血浆
• 生物标志物

目的:探讨肾透明细胞癌(简称肾癌)患者血浆中伪基因和长链非编码RNA(lncRNA)的表达及临床价值。方法:收集50例肾癌患者和26例体检健康者的血浆样本,采用qRT-PCR检测血浆样本中伪基因和lncRNA的表达水平;运用c Bio Portal、GEPIA、oncolnc、UALCAN、Kaplan-Meier plotter等数据库分析差异表达的伪基因和lncRNA与患者预后的关系;应用MPH-dCase9介导转录调控上调目的基因在肾癌细胞系786-O中的表达,qRT-PCR验证其表达水平,CCK-8检测目的基因上调后细胞增殖活性;运用Star Base数据库预测目的基因的miRNA靶标并分析其在肾癌中的表达,通过Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA靶标与患者预后的关系。结果:伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、KLRAP1、FER1L4、PDXDC2P和lncRNA TLX1NB、DIO3OS在肾癌患者血浆中的表达水平均明显高于体检健康者,而LINC00482的表达明显低于体检健康者。伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、FER1L4和lncRNA TLX1NB、LINC00482、DIO3OS在肾癌患者中发生不同频率的突变,且与患者总体生存期相关,其中,CXCR2P1、FER1L4和TLX1NB还与患者无病生存期相关;另外,PLEKHA8P1、KLRAP1、PDXDC2P、FER1L4和DIO3OS高表达与患者不良预后相关,而LINC00482表达与患者总体生存期无关,TLX1NB低表达与不良预后相关,与预期相反。对TCGA数据库的肾癌样本进行分析发现,与正常组织比较,FER1L4和DIO3OS在肾癌组织中高表达,体外实验结果表明FER1L4和DIO3OS上调可促进786-O细胞增殖。通过Star Base数据库预测,分别获得24、13个FER1L4和DIO3OS的miRNA靶标,其中hsa-miR-556-5p和hsa-miR-660-5p在肾癌中的表达分别与FER1L4和DIO3OS表达呈负相关,并与肾癌患者不良预后相关。结论:伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、KLRAP1、FER1L4、PDXDC2P和lncRNA DIO3OS可作为肾癌潜在的早期诊断及预后生物标志物,其中FER1L4和DIO3OS可能通过调节hsa-miR-556-5p和hsa-miR-660-5p参与肾癌发展。

• 单位
  江苏大学附属医院