应用微生物数据分析云平台筛选巴尔通体特异基因及设计探针

作者：康央; 李庆多; 苗娇娇; 宋秀平; 徐爱玲; 张雯^*; 栗冬梅^*

来源：中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(05): 526-530.

• 巴尔通体
• 特异基因
• 引物设计
• 云平台
• 荧光定量PCR

目的应用微生物数据分析云平台筛选巴尔通体特异基因,并设计巴尔通体属(Bartonella spp.)细菌检测通用引物和探针。方法登录微生物数据分析云平台,选择"SpecialMarkerGene"工作流,上传目标菌基因组序列,设置参数Align(覆盖度)和E(相似度)。运行完成后,将得到1份特异基因序列表。为进一步确认筛选基因的特异性,可将筛选序列片段用美国国立生物技术信息中心-序列局部比对工具(NCBI-BLAST)进行验证,根据筛选片段设计实时荧光定量PCR引物或探针,并分析实验结果。结果应用上述方法筛选到巴尔通体特异基因49个,选择NCBI-BLAST验证后覆盖度和特异性水平高的基因序列设计引物和探针,经预实验分析,以格拉汉姆巴尔通体(Bartonella grahamii,Bg)基因组中的yfeC基因(ACS50472.179)为靶序列设计的Bar5引物和TaqMan探针检测效果良好:可以扩增12种巴尔通体,通用性较好,其他种属的生物核酸样品均未出现荧光信号;最低检出限为3.47×10拷贝/反应;经重复性分析,组内及组间变异系数分别为0.02%～2.27%和0.56%～0.83%;同时,标准曲线呈现良好的线性关系,相关系数R2为1.00,扩增效率(Amplification efficiency,E)为101%。结论运用微生物数据分析云平台筛选巴尔通体属水平的特异基因操作简便,检索高效,适用于快速查找筛选细菌鉴定、分型的备选基因位点。

• 单位
  中国疾病预防控制中心传染病预防控制所; 传染病预防控制国家重点实验室; 山东第一医科大学