华山松高通量全基因组SNP标记开发及其分析

作者:王飞; 叶鹏; 王正德; 夏茂甜; 沈伟祥; 王海洋; 辛培尧
来源:分子植物育种, 2021, 1-17.

摘要

为开发华山松大量的稳定性高、特异性强的SNP标记,本研究以279份华山松针叶为试验材料,利用SLAF-seq技术,测序共获得reads数据3 169 Mb,SLAF标签12 952 676个,多态性SLAF标签为1 456 486个,SLAF多态性百分率是11.24%,平均测序深度为20.52 x,测序平均Q30为96.58%,平均GC含量为37.76%。且采用水稻日本晴的测序数据用于评估试验建库的准确性,结果显示本试验比对效率在97%;且水稻日本晴数据的酶切效率在100%,这表明本试验酶切反应也正常。最终从12 952 676个SLAF标签中检测到了3 469 074个群体SNP标记。这为给华山松分子辅助育种、遗传多样性分析和遗传图谱构建等研究提供理论参考。