近年来,民办高职院校内外生存环境发生了很大变化,原有的内部管理架构已经不能很好的凸显其优势,必须要深化组织结构和管理体系综合改革。政府机构大部制改革思路给民办高职院校职能部门改革有了探索的方向,指出民办高职院校大部制改革的动因与内涵,分析了省内外同类院校大部制改革现状与意义,基于无锡南洋职业技术学院案例提出了改革路径与措施,并明确了顺利推进大部制改革的前提与保障。