一株羊源A型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序及生物学特性

作者：张振兴; 陈珍; 刘昂; 程逸文; 陈思; 杜丽; 满初日嘎; 王凤阳; 陈巧玲

来源：微生物学通报, 2021, 1-14.

DOI：10.13344/j.microbiol.china.210173

• A型多杀性巴氏杆菌
• 基因组测序
• 生物信息学分析
• 毒力相关基因
• 系统进化树分析

【背景】多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida,Pm）是一种革兰氏阴性菌，可引起动物和人类的呼吸道疾病和败血症等。本实验室前期分离鉴定一株A型Pm HN02菌株。【目的】通过对HN02菌株的全基因组测序及生物信息学分析，扩充多杀性巴氏杆菌的基因组数据库信息；通过毒力基因鉴定和系统进化树分析，明确该菌株含有的毒力基因和遗传进化关系，为临床预防和诊断提供理论依据。【方法】使用SMRT技术对Pm HN02菌株进行全基因组测序，利用Illumina测序校正后进行基因功能注释和生物信息学分析。使用PCR鉴定菌株毒力基因，并构建进化树进行分析。【结果】Pm HN02菌株全基因组大小为2 333 292 bp,GC含量为40.15%，预测到的编码基因有2 389个，包含19个rRNA （6个23S rRNA、6个16S rRNA、7个5S rRNA）、62个tRNA基因、5个sRNA；含84个串联重复序列、66个小卫星DNA、2个微卫星DNA、9个基因岛、9个前噬菌体；分别有1 648、2 190和1 917个基因注释在GO、KEGG和COG数据库中，而且大部分富集于Pm的代谢过程；还有85个Ⅲ型分泌系统效应蛋白、191个表型突变基因、165个毒力因子相关基因。根据分析结果绘制该菌株的全基因组圈图，并将基因组信息提交至NCBI后获得登录号cp037865。PCR鉴定发现该菌株含有fimA、toxA等12个毒力基因，缺失了tadD等毒力基因。系统进化树分析发现该菌株同北京的Pm3菌株（MH150895.1）进化关系最接近。【结论】研究完成了A型Pm HN02株的全基因组测序和生物学特性鉴定，揭示了其同国内外Pm分离株的进化关系。为预防Pm疾病流行和探索Pm致病机制提供了参考。

• 单位
  动物科技学院; 海南大学