转录组学测序揭示WNK2促进体外培养卵巢癌细胞ROS产生

作者：李凤杰; 贾永琴; 王延洲; 杜秀蓉; 曹兰琴; 周丹; 梁志清^*

来源：陆军军医大学学报, 2023, 45(02): 130-138.

DOI：10.16016/j.2097-0927.202205141

• 卵巢癌
• RNA-seq
• ROS代谢
• GO富集

目的 转录组学测序分析WNK2在卵巢癌中调控的生物、代谢过程。方法 在卵巢癌细胞SKOV3中，使用siRNA干扰WNK2,分为siNC和siWNK2 2组，每组设置3个重复。siRNA转染SKOV3细胞48 h后收集细胞提取总RNA。验证SKOV3细胞中的WNK2成功敲降后，将总RNA样品进行转录组学测序及生物信息分析，筛选padj<0.01,fold change>1,FPKM>500范围内的基因，即siNC与siWNK2两组间的差异基因，从而获取在SKOV3细胞中被WNK2调控的基因。进一步通过DisGeNET和DO (disease ontology)富集分析得出差异基因与疾病间的关系；GO功能富集分析差异基因调控的细胞功能和代谢过程。通过RT-qPCR验证活性氧(reactive oxygen species, ROS)通路中10个差异基因表达变化是否与测序结果一致，并探究过表达、敲降WNK2后对卵巢癌细胞ROS产生的影响。结果 DisGeNET以及DO富集分析表明WNK2敲降后，siNC和siWNK2两组的差异基因与多种恶性肿瘤密切相关(P<0.05)。GO功能富集分析表明差异基因富集于ROS代谢过程、凋亡信号通路、泛素连接酶复合物形成、线粒体膜蛋白复合物形成、生长因子结合和转录激活因子活性等生物过程(P<0.05)。在所有富集通路中，ROS代谢相关的生物过程数量最多且差异最为显著(P<0.001)。RT-qPCR验证WNK2敲降后ROS通路中9个差异基因表达变化与测序结果一致，1个基因(PDGFB)与测序结果相反，1个基因在两组中无明显变化。在卵巢癌细胞SKOV3和CAOV3中敲降WNK2后，ROS产生下降；过表达WNK2后，卵巢癌细胞的ROS产生增多。结论 WNK2可能通过促进ROS代谢过程调控卵巢癌的恶性进程。

• 单位
  第三军医大学; 第一附属医院妇产科; 中国人民解放军陆军军医大学; 中南大学湘雅医院